在往淮安城逃跑的明军战舰在遭到他们自己人的炮轰后也开始调头往自己这边冲过来。不少战舰上还燃烧着熊熊的烈火。这些船象无头苍蝇般撞上了清军的战舰。在不经意间给清军造成了重大的损失。
就在清军进退为难之机淮安城忽然停止了炮击。对面的明军战舰以极快的速度象一条条梭鱼般逆流而上。一边炮击清军战舰一边向清军战舰靠拢。义勇军军舰一旦靠上清军战舰就立即用钩子钩住对方。战舰上的水手先对着清军甲板用火枪一阵疯狂扫射。待到对方死伤惨重后他们便拔出马刀跳上战舰进行肉搏进而占领整条船。清军的水手大多只配有弓弩、刀及长矛。面对义勇军的这种近身战法几乎没有还击能力。
义勇军强悍的作风使准塔终于见识什么才是真正的水军。眼见情势对自己越来越不利。准塔终于一咬牙决定收拢舰队逆流而上撤回宿迁。义勇军的舰队一直追击清军北上到宿迁才肯罢休。淮安战役使清军损失了数百条战舰，死伤一万余人。另有二百条战舰和四千人成了义勇军的俘虏。次此战役重创了清军的水军。使得准塔放弃了从水陆南下攻打淮安的打算。
撤回宿迁的准塔不久便收到了图赖在泗洪被战败的消息。泗洪之战义勇军全歼清军中路主力，主帅图赖以及其麾下的