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。但算筹也有严重的缺陷。既运算时需要占用较大的地方摆算筹，位数越多，问题越难，需要摆的面积越大，使用起来极不方便。此外筹算的运算过程实际上是挪动算筹，运算了下一步，上一步就看不到了。因此其运算过程并不保留。学习者学习起来十分困难。元朝数学家朱世杰，能用筹算解四元高次方程，其数学水领先当时的年代。可正是他的方法太过晦涩难懂，致使其后继无人。中国古代数学的众多惊人成果，大多也因为相似的原因而平白失传。
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